Sivas Kongresi sonrasında İstanbul’da Damat Ferit Hükümeti düşmüş, yerine Ali Rıza Paşa Kabinesi kurulmuştu (2 Ekim 1919). Ali Rıza Paşa sadrazam (başbakan) olunca, “Anadolu hareketine kayıtsız olmadıklarını” ifade eden ılımlı bir açıklama yaptı. Buna karşılık Temsilciler Kurulu da bir açıklama yaparak, “İstanbul’da kurulan Ali Rıza Paşa Hükümeti’ni, ulusal kararlara karşı çıkmaması koşuluyla desteklediklerini” belirtmiştir. Taraflar arasındaki ilişkilerin yumuşaması üzerine Ali Rıza Paşa, Bahriye Nazırı (Bakanı) Salih Paşa’yı Temsil Heyeti ile görüşmeler yapmak üzere Amasya’ya gönderdi.

   Amasya Görüşmeleri’ni, Temsilciler Kurulu adına Mustafa Kemal Paşa, Rauf ve Bekir Sami Beyler yapmıştır. Salih Paşa ile Temsilciler Kurulu Başkanı Mustafa Kemal arasında üç gün süren görüşmeler sonucunda Amasya Protokolü imzalanmıştır.

Görüşmelerde üçü açık ve imzalı, ikisi gizli ve imzasız beş protokol tespit edilmiştir.

1) İşgallere karşı hep birlikte karşı konulacak, Türklerin çoğunlukta olduğu yerlerin işgaline izin verilmeyecektir.

2) İstanbul Hükümeti, Temsil Heyeti ile Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti’ni ve Sivas Kongresi kararlarını tanıyacaktır.

3) İstanbul Hükümeti, Temsil Kurulu’nun rızası olmadan düşmanlarla barış görüşmesine gitmeyecek; bundan sonra yapılacak görüşmelere Temsil Heyeti’nin uygun göreceği kişiler de katılacaktır.

4) Mebusan Meclisi, İstanbul dışında, İstanbul Hükümeti’nin de uygun göreceği bir şehirde derhal toplanacaktır.

-İstanbul’un İtilaf Devletleri’nce fiilen işgal edilip baskı altında tutulması

-İstanbul’da saltanat taraftarlarının çoğunlukta olması

-Bütün zararlı cemiyetlerin merkezinin İstanbul olması

-Tüm bu nedenlerden dolayı İstanbul’da sağlıklı karar alınamayacağını düşünmesidir.

5) Mebusan Meclisi’nin toplanması için seçimlere gidilecek, seçimler tam bir serbestlik içinde yapılacak; yalnız İttihatçıların seçilmemesi için telkinler yapılabilecektir.

-İstanbul Hükümeti; bu görüşmeyle Temsil Heyeti’ni Sivas Kongresi kararlarını ve Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti’ni resmen tanımış oldu.

-Amasya Protokolleri, Temsil Kurulu’nun ikinci siyasi başarısıdır.

-Ayrıca bu görüşmeler Temsil Kurulu’nun siyasi etkinliğini daha da artırmıştır.

-Osmanlı Mebusan Meclisi’nin açılmasını kesinleştirmiştir.

Beş protokol imzalanmıştır ve burada Barış Konferansı’na gönderilecek heyette tespit edilmiştir.

   Şeyh Recep olayı Millî Mücadele’ye tepki olarak meydana gelmiş olaylardan biridir. Amasya görüşmeleri sırasında, Şeyh Recep ve arkadaşları 18 ve 19 Ekim 1919 tarihinde Sivas postahanesinden tehditle Sivas’ın ileri gelenlerinden 160 kişinin de imzasını alarak Padişah’a, Salih Paşaya ve Mustafa Kemal Paşa’ya üç telgraf çeker’’.Bu telgraflarında, Padişah ve Salih Paşa’ya sadakat, Mustafa Kemal’e ise tehdit yağdırır. Tabiî ki, Mustafa Kemal’in duruma el koyması ile, Sivas Valisi 19 Ekim’de başta Şeyh Recep olmak üzere bazı kişileri tutuklayarak olayı bastırır. Böylece Mustafa Kemal Amasya’daki görüşmelere rahat bir ortam içinde girme olanağı bulur.

 

   Amasya görüşmeleri sona erip Salih Paşa İstanbul'a döndükten sonra, Mustafa Kemal Paşa Anadolu'nun çeşitli yerlerinde dolaşıp örgütün gelişmesini ve çalışmalarını denetledi. Yakında açılması planlanan Meclis-i Mebusan'ın oluşması için ön hazırlıklar yapıyordu. Sivas'a tekrar geldi ve orada 16-28 Kasım tarihleri arasında komutanlarla önemli toplantılar düzenledi. Burada Meclis-i Mebusan'nın nerede ve nasıl toplanması sorunu yanında Kuvayı Milliye ile ilgili sorunlar da görüşüldü. Sivas'tan ayrıldıktan sonra Mustafa Kemal Paşa tekrar Anadolu'yu denetlemeye başladı. Bir yandan da Heyet-i Temsiliye'nin sürekli olarak çalışabileceği bir kent merkezi arıyordu. Bu arada Hacıbektaş Türbesini ziyaret edip (23 Aralık 1919) oradaki halkı kendisine kazandırması da son derece önemlidir. Paşa birkaç gün sonra, 27 Aralık 1919'da Ankara'ya geldi.